Viselkedését tekintve a Pannon méh nyugodt, nem támadó hajlamú, a kaptár felbontásakor a család védőfelszerelés (arcvédő, kesztyű, méhészöltöny) nélkül kezelhető. A méhek az ellenőrzésre kiemelt kereten nyugodtan dolgoznak tovább, lépenmaradóak, nem futnak le a lépről. Közepesen rajzó hajlamú. A méhanya az egészséges családban tavasszal korán (januártól kezdődően), jól fiasít és a családok gyorsan fejlődnek. Viszonylag kis népességgel és mérsékelt fogyasztással telelnek át. Szorgalmasan gyűjtő, jól tájékozódó és más fajtával összehasonlítva, nem eltájoló típus. A munkásméhek nagy távolságokról gyűjtenek és nagyon kiegyenlített a gyűjtési görbéjük. A Pannon méh jól tájékozódik, megjegyzi a kaptár vagy a nektár forrását, ill. annak helyzetét. Tájékozódás terén a méhek elsősorban egy tárgy fekvéséhez és kevésbé a színhez igazodnak (legyen az méhlegelő, vagy a röpnyílás). Ezzel függ össze a rendkívüli jó tájékozódó képességük a kaptárhoz való visszatérésnél is. Erre a jó képességre különösen nagy szükség van az alföldi és nagy kiterjedésű szántó területek, ill. az erdőségek méhlegelőinek kihasználásánál.

A Pannon méh igen változatos tulajdonságokat alakított ki az elterjedési területén. A fészket gyorsan kiépíti tavasszal, akkor is, ha lényegesen gyenge családokkal telel át. A fiasítás nagysága nyáron a méhlegelő függvénye. Minden utódra általánosan jellemző tulajdonság a méhanya korai fiasító képessége, és elegendő a pollenellátás esetén a fiasítás számának ugrásszerű növekedése. A fiasítás nyár végére és ősszel főleg a helyi hordási helyzettől, valamint a genetikai adottságtól függ.
A nyári hosszabb hordástalan időszakban, főleg ha az hideg idővel párosul, gyakran drasztikusan csökken az anya petézése. A Pannon méh jellemző túlélési stratégiája, hogy az élelmet jól hasznosítja. Minden kedvező periódust optimálisan használ ki, és nektár-, pollenhiány esetén takarékossággal éli túl a hiányidőszakot. Nyáron az éhezés csak nagyon ritkán fordul elő ezeknél a méhcsaládoknál.

Az erős hideg tél, nincs különösebb hatással a Pannon méh áttelelésére. Télen csekély a népessége, mely a szomszédos fajtáktól (olasz, sötét európai méh), jól megkülönbözteti a méhünket. A nyári szárazságok után őszre általában 10-15 kg között változik etetés mennyiségge. A méhcsaládok téli takarása nem szokványos, természetes lehet a ridegen tartás, viszont a téli napforduló után kezdődő fiasítás hőigényét biztosítani, ill. az ehhez szükséges belső itatást szintén ajánlott segíteni.

A Pannon méh hordási eredményei (méz) nagyon változatosak lehetnek, és elérhetik a napi 9-14 kg-ot is, méhlegelőnként pedig jó technikai előkészülettel nem ritka – pár nap elteltével – a 30-40 kg-os pörgetési eredmény sem.

Tavasszal a népesség gyors fejlődése miatt a hazai méhünket erőteljes rajzási hajlam jellemzi. Jó technikával azonban megelőzhető a nagy számban fellépő rajzás. A rajzás ellen csak a méhcsalád saját reakciójával lehet védekezni. A méhlegelő kezdete előtt az erős családból el kell venni néhány lépen a feleslegesnek vélt fiasítást és az azt takaró méheket továbbszaporításra. Ebben az esetben kicsi az esélye a rajzásnak. A Pannon méhnél a rajbölcsők száma nem több mint más európai fajtáknál (5-15), de a tenyésztés hiányában a család túlélése nem biztonságos. Nyári, meleg, esős időszak sem gátolja a családokat a rajzási ösztön gyakorlásától, különösen egy rossz, un. rendszeresen rajoztatásos szaporítást alkalmazó állományban, ahol ezt a genetikai adottságot táplálják időről-időre.

A Pannon méhnél nincs más olyan tulajdonság, ami annyira egységes lenne, mint a méhek nyugodtsága és csekély védelmi készsége a kaptár bontásánál. A könnyed, nyugodt kezelési stílusnál a méhek nem reagálnak a kaptárt bontó méhészre, változatlanul végzik munkájukat a lépeken, a méhanya is könnyen megtalálható. Az ideges és támadó kedvű méhcsalád irányítatlan származású hibridizációra utal.